Para o caso de fluxos automatizados, ao criar um fluxo, é possível editar templates apenas para alguns contatos. Para isso, basta você criar o fluxo normalmente e preencher todas as configurações. Depois de selecionar os contatos que deseja inserir no fluxo, você verá uma listagem dos contatos que serão inseridos.

À direita de cada contato adicionado no seu fluxo, basta clicar no ícone do lápis.
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Fazendo isso, apenas o contato que você fez essa alteração receberá o e-mail com o' template diferente, conforme as edições feitas. 

Lembrando que o template editado para o contato permanecerá inalterado na sua biblioteca.

Se você estiver usando um fluxo semi automatizado, poderá editar todos os templates de e-mail antes de enviar, no momento da realização das tarefas de envio de e-mail.