Ao criar as ações do seu fluxo, há a possibilidade de mandar os emails daquele fluxo como resposta. Fazendo isso, é possível que um email seja enviado na mesma thread do email enviado anteriormente. 

Para ativar esse recurso, no momento da criação do seu fluxo, basta selecionar o ícone com a setinha pra esquerda, como mostrado a seguir:

Selecionando essa opção, o email é enviado como resposta do email anterior, indo então na mesma thread e terão seu assunto substituído pelo assunto também do email anterior, com a sinalização de RE:.